全球首款云計算平臺誕生


關鍵詞:云計算  2012-03-21  點擊次數:


  首個新一代測序云計算的誕生,不單將有助于解決數據瓶頸問題,更為未來的實驗室數據分析指出新的方向。

 

  云計算解決之道


  為將新一代測序技術普及到普通規模實驗室,又推出小型新一代測序Miseq。深明數據分析是新一代測序技術之瓶頸,清楚地認識到普通實驗室缺少高性能計算設施支持龐大的數據分析和儲存,Illumina最新推出了為生物學家打造的新一代測序云計算平臺——BaseSpace。有了BaseSpace,實驗室就能夠省去維護IT設備帶來的費用,從而更專注于研究。


  一鍵式的分析工具,簡化的數據分析,可快速輕松地查看結果,而無需專門的生物信息學資源。在MiSeq控制軟件(MCS)中,只需在測序運行開始時選擇使用BaseSpace來儲存和分析。MiSeq儀器將數據從儀器無縫推送到云端——BaseSpace,進行自動化的分析和儲存,立即與合作者隨時隨地共享數據,并儲存無限的數據。同時可選擇保留數據,進行本地托管和分析。行業標準的加密可提供安全保障。


  在設計中充分考慮到生物學家的需求,BaseSpace一鍵式生物信息學應用程序可謂簡單易用,能從原始數據中產生生物學相關且可操作的結果。BaseSpace輸出文件是行業標準的,采用開放的格式,如bam(定位和比對)、vcf(變異體檢出)、fastq(原始讀取)和text格式。有了這些文件格式,您能將BaseSpace數據輕松導入您喜愛的科學軟件工具進行進一步分析。


  簡化的數據分析


  從事新一代測序的實驗室通常需要一位訓練有素的生物信息學家來開展數據分析。BaseSpace利用云端軟件應用程序,可幫助實現自動化的生物信息學分析。BaseSpace目前擁有6個獨立的數據分析應用程序:重測序、擴增子測序、16S宏基因組、denovo裝配(由Velvet支持)、小分子RNA和文庫QC。利用IlluminaExperimentManager(Illumina實驗管理器),在樣品表設置時選擇好所需的分析,運行開始后數據就直接傳輸到BaseSpace。一旦測序運行完成,BaseSpace自動開始運行指定的分析,無需用戶干預。分析在幾小時內完成,并自動生成報告。此外,Illumina還將會繼續添加內部開發以及生物信息學社區開發的應用程序。這將進一步擴展簡單、定制數據分析的選擇。


  全球規模的數據合作


  有了云端的原始和匯總數據,BaseSpace用戶可立即與走廊那頭或遍布全球的合作者共享數據。與其他BaseSpace用戶共享數據相當簡單明了。目前有兩種選擇:通過鏈接共享(SharingbyLink)和通過名字共享(SharingbyName)。通過鏈接共享允許數據擁有者創建一個獨特的鏈接,發送給合作者。數據擁有者可刪除此鏈接,并了解誰點擊了鏈接和查看了數據。通過名字共享將是一個更容易設置的方法,數據擁有者只需管理一份用戶電子郵件列表,即可控制誰有權訪問數據。


  增強的安全性


  在決定是否將基因組數據移到云端分析和儲存時,安全性至關重要。通過物理、電子和行政措施,所有的數據可得到有效保護。上傳數據通過AES256標準加密,并受到SSL保護。BaseSpace中的數據托管在AmazonWebServices(AWS)中,它符合各種行業認可的安全性標準1。Amazon全面且經過行業測試的平臺安全性方法,確保BaseSpace可滿足、甚至超越了大部分機構設備的安全性要求。


  不斷超越,才能生生不息。Illumina創新的BaseSpace云計算平臺,不單能與MiSeq系統及其他的Illumina測序平臺直接整合,是數據分析、儲存和共享的理想云方案,更重要的意義在于,為將來的實驗室數據分析提示了一種新的方法,“云存儲”“云分析”“云計算”服務將在生命科學領域日益普及,或許不遠的將來,還會有“云實驗”!



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